W latach 60-70-tych XI wieku konfraternia kupców z Amalfi zakupiła od kalifa Al-Mustansira plac w Jerozolimie "o rzut kamieniem na południe od Grobu Świętego" i zbudowała w tym miejscu szpital-hospicjum. Opiekę nad przebywającymi tam chorymi i wędrowcami powierzono grupie zakonników pod przewodnictwem błogosławionego brata Gerarda, która przyjęła regułę św. Augustyna. Tak powstał Zakon Braci w Ubóstwie Szpitala św. Jana Jerozolimskiego, gdyż  patronem zakonników i Szpitala został św. Jan Chrzciciel.
      Podczas oblężenia Jerozolimy przez krzyżowców w 1099 roku załoga muzułmańska usunęła braci wraz z bł. Gerardem z Miasta. Po zdobyciu Jerozolimy przez krzyżowców i po powrocie do Szpitala członkowie Zakonu wznowili swoją działalność, lecząc ok. 900 rannych krzyżowców. Szpital i posługa braci zyskała wielkie uznanie. Średniowieczny pielgrzym Jan z Würzburga napisał - "Hedificium magnum et mirabile, ita quod impossibile videretur, nisi quis videret". Zakon rozrastając się liczebnie zakłada jednocześnie swoje szpitale w licznych miastach europejskich. Działalność Zakonu zalegalizowały bulle papieży - Paschalisa II z 1113 roku i Kaliksta II z 1122 roku. Już w pierwszej połowie XII wieku joannici-szpitalnicy, bo tak zaczęto ich nazywać, podejmują orężną walkę z Saracenami. W miarę kurczenia się posiadłości chrześcijańskich w Ziemi Świętej Zakon tracił swoje siedziby: Jerozolimę w 1187 roku, największą twierdzę ówczesnego świata Krak des Chevaliers w 1271 roku, Margat w 1285 roku. W 1291 roku pada ostatni bastion krzyżowców i joannitów-szpitalników w Palestynie Akka. Z działalnością w Akce (St. Jean d Acre) wiąże się powstanie tradycyjnej modlitwy joannitów, odmawianej wśród chorych po odśpiewaniu Nieszporów:

"Czcigodni Panowie Chorzy, módlcie się aby Bóg zesłał pokój na świat,
Czcigodni Panowie Chorzy, módlcie się, aby Bóg zechciał mnożyć owoce ziemi,
módlcie się za pielgrzymów płynących przez morza i wędrujących po ziemi,
aby Bóg ich prowadził i doprowadził w bezpieczeństwie duszy i ciała do celu.
Czcigodni Panowie Chorzy, módlcie się za siebie i za innych chorych chrześcijan,
aby Pan nasz zechciał dać im zdrowie potrzebne ich duszom i ciałom.
Czcigodni Panowie Chorzy módlcie się za dusze Waszych ojców i matek
i za wszystkich chrześcijan, którzy odeszli, aby Bóg dał im pokój wieczny.
Amen."

      Po krótkim dziewiętnastoletnim pobycie w Limassol na Cyprze, gdzie Zakon rozwinął swoją flotę wojenną, w latach 1308-1309 joannici dokonują podboju wyspy Rodos. W 1310 roku na Rodos przenoszą się władze Zakonu i powstaje państwo obejmujące tę wyspę i ok. 30 wysp południowego Dodekanezu oraz enklawy na azjatyckim wybrzeżu morza Egejskiego i w Epirze. Znani teraz jako rycerze rodyjscy reformują Zakon dzieląc go na 8 "języków"- Prowansji, Francji, Owerni, Włoch, Kastylii, Aragonii, Anglii i Niemiec. W 1480 roku rycerzom rodyjskim udało się odeprzeć oblegającego Rodos zdobywcę Konstantynopola sułtana Mehmeda II. Walczący w pierwszym szeregu obrońców, ciężko ranny Wielki Mistrz Pierre d'Aubusson, wyzdrowiał tylko dzięki wysoko postawionej w Zakonie sztuce lekarskiej. Jednak mimo wielu przewag w walkach lądowych i morskich w 1522 roku Rodos zostaje zdobyta przez sułtana Sulejmana Wspaniałego, a Wielki Mistrz Philippe de Villiers de L'Isle Adam wraz z rycerzami zakonnymi, po honorowej kapitulacji, udał się na wygnanie, na krotko osiadając w Viterbo.
      W 1530 roku od cesarza Karola V szpitalnicy uzyskali wyspy Maltę i Gozo oraz Trypolis, za co mieli w charakterze trybutu cesarzowi ofiarowywać jednego sokoła myśliwskiego rocznie. Dla Turków, niepokojących południowe wybrzeża Europy, Malta była "gniazdem skorpionów". Już w 1565 roku kawalerowie - już maltańscy - przeżyli wraz z Wielkim Mistrzem Jeanem Parisot de La Valette Wielkie Oblężenie flot Mustafy Paszy i korsarza Draguta. Napastnicy nie zdobywszy wyspy odpłynęli 8 września 1565 roku - dzień ten do obecnych czasów obchodzony jest w Zakonie jako Święto Najświętszej Marii Panny z Filermo - patronki joannitów. Polscy kawalerowie maltańscy organizują wtedy doroczną pielgrzymkę na Jasną Górę. Okres przebywania Zakonu na Malcie to również rozwój pracy szpitalniczej, charytatywnej i społecznej, o czym świadczy zakładanie szpitali, przytulisk, a nawet fundacja publicznego uniwersytetu, biblioteki oraz opery.
      W 1798 roku Malta została zdobyta przez Napoleona, a Wielki Mistrz Ferdynand von Hompesch abdykowal i opuścił wyspę. Po długiej tułaczce władze Zakonu ostatecznie osiadają w 1834 roku w Rzymie w Palazzo dei Cavalieri di Malta przy Via Condotti 68, gdzie przebywają do chwili obecnej. W II-giej połowie XIX wieku Wielki Mistrz Giovanni Battista Ceschi a Santa Croce zamienia tradycyjny podział na "języki" podziałem na związki narodowe, których obecnie działa 42 w 40-tu krajach.
      Pole działania Zakonu w chwili obecnej to organizowanie służby medycznej w czasie pokoju i wojny, walka z plagami ludzkości (trąd), a także pomoc ofiarom katastrof, klęsk żywiołowych oraz uchodźcom. Suwerenny Rycerski Zakon Szpitalniczy św. Jana Jerozolimskiego zwany Rodyjskim oraz Maltańskim jest podmiotem prawa międzynarodowego, utrzymującym stosunki dyplomatyczne z 60 państwami (również z Polską) oraz mającym swoje delegatury w radzie Europy, Międzynarodowym Czerwonym Krzyżu, UNESCO, WHO oraz koordynuje działalność kilku agend ONZ - Pomoc Międzynarodowa Zakonu Maltańskiego w Walce z Głodem, Nędzą, Chorobami i Ignorancją z siedzibą w Rzymie, Komitet Wykonawczy Międzynarodowej Pomocy Trędowatym z siedzibą w Genewie oraz Akademia Pediatrii Zakonu Maltańskiego w Mediolanie. Agendą Zakonu zajmującą się pomocą ofiarom masowych katastrof i kataklizmów regionalnych jest ECOM (Emergency  Corps of the Order of Malta), czyli Korpus Zakonu Maltańskiego do spraw Sytuacji Kryzysowych, z siedzibą w Brukseli.
      Obecnie Zakon zrzesza ok. 10000 członków-profesów, którzy złożyli wieczyste śluby zakonne, członków  Zakonu, którzy złożyli śluby posłuszeństwa, osób świeckich , kapelanów zakonnych oraz donatów I i II kategorii. W zależności od możliwości wylegitymowania się pochodzeniem szlacheckim kawalerowie maltańscy dzielą się na trzy  kategorie: Honoru i Dewocji, Łaski i Dewocji oraz Łaski Magisterialnej. Zakon w działalności szpitalniczej i charytatywnej wspiera kilkudziesięciotysięczna armia wolontariuszy, zrzeszona między innymi w następujących organizacjach: włoski Korpus Sanitarny i CISOM, irlandzki Ambulance Corps, niemiecka Malteser Hilfdienst oraz polska Pomoc Maltańska.
      Całokształt działalności Zakonu reguluje Karta Konstytucyjna z 27 czerwca 1961 roku. Oficjalna flaga Zakonu przedstawia biały łaciński krzyż na czerwonym polu (identyczna z flagą Danii). Jednak najpopularniejszym symbolem jest oktagonalny, biały krzyż, zwany maltańskim (symbolizujący osiem błogosławieństw) na czerwonym polu.
      Zwierzchnikiem Suwerennego Zakonu jest Obecnie Jego Najeminentniejsza Wyskość Książe i Wielki Mistrz Fra Andrew Willoughby Ninian Bertie. Wspomaga Go w sprawowaniu władzy Rada Suwerenna.

Historia Zakonu Maltańskiego
M. Koszutski